Le jardin botanique est le plus ancien jardin scientifique du Portugal. Il a été construit pour le plaisir de la famille royale, à une époque, où la botanique captivait les scientifiques un peu partout en Europe. La conception du jardin est italienne, faite par Domingo Vandalli, dans la seconde moitié du XVIIIe siècle. Auparavant, on pouvait y trouver cinq mille espèces différentes, mais l'invasion française a détruit de nombreuses collections. Aujourd'hui, l'une des attractions est un très ancien dragonnier, originaire de Madère.

À Coimbra, le jardin botanique de l'Université s'étend sur un espace de 13 hectares. Situé près de la faculté des Sciences et Technique, le jardin a commencé à être construit au XVIIIe siècle par Domingo Vandelli, mais a été amélioré au fil du temps. Vous pouvez visiter le jardin qui, au-delà de la collecte de plantes tropicales et des jonquilles, a une bibliothèque qui comprend une collection de 125 000 volumes.

À Lisbonne, à côté de l'ancienne faculté des Sciences, se situe l'un des plus grands jardins scientifiques de l’Europe. Il fut créé au XIXe siècle et possède 1500 espèces. Le projet a été développé par un paysagiste allemand, Edmond Goeze, qui a conçu la partie supérieure, les serres et le chemin des palmiers. Jules Daveau s’est occupé de la partie inférieure, les lacs et le système d'irrigation. Dans ce jardin, on y trouve une serre aux papillons qui mérite une visite.

À Madère, en dépit de la diversité botanique, le jardin botanique n’a été créé que dans les années 60, après l’achat d’une vieille ferme par le gouvernement, la Quinta do Bom Sucesso. C’est un espace de loisirs, de science et de culture, où il est possible de trouver un noyau de végétation endémique, tropical et médicinales et même un parc d'oiseaux, principalement de la famille des perroquets.